GEOLOŠKA, HIDROLOŠKA IN BIOLOŠKA OPAŽANJA
Vhodni deli jame so nastali v zgornje jurskih debelo plastovitih apnencih. Debelina plasti je ponekod 1 m in več. Zgornji del jame je nastal v prelomu smer 100/80. Vpad plasti je v smeri 198 in pod naklonom 30°.
Nekateri kamini in širše stopnje v meandru so nastali na mestih, kjer se sekajo glavni in manjši prelomi. Skozi ves gornji del jame se ponavlja isti vzorec: pod stopnjo voda uide v za človeka preozek rov. Prehoden rov pa se nadaljuje v smeri vode, vendar se dviguje. Temu vzponu sledi stopnja, ki se nato spusti nižje, kot je bilo dno zadnje stopnje. Taka oblika rova je nastala zato, ker se stopnja oziroma slap neprestano umika nazaj, istočasno pa si poglablja tudi dno.
Dvorana Trst je naš je nastala z združitvijo večih vzporednih brezen, na kar kažejo vsaj trije pritoki vode iz stropa in sten. V Speleoholikih naletimo na podor, ki je nastal v porušeni coni. Le ta deluje kot bariera in preusmeri vodo proti zahodu. Ob podoru se jama nadaljuje, v smeri proti zahodu, z breznom in podornim rovom. Nato ponovno sledijo aktivni rovi z vodo. Kamnina med 300 in 450 m globine vsebuje več lapornatih plasti.
Na Križišču kjer se ločita vodni in suhi del je lepo viden prelom 100/90 skoraj v isti smeri kot prelom na vhodu. Ta prelom je očitno preusmeril vodo iz starejšega suhega rova proti jugu. Pod 500 m kamnina ni več plastovit apnenec, ampak apnenčasta breča. Treba pa je poudariti, da je dokaj kompaktna in ne krušljiva. Ponekod je kamnina precej dolomitizirana (poizkus s kisom ). Iz kamnine štrlijo klasti, ki merijo od nekaj centimetrov do več deset centimetrov v prerezu.
Že na globini 70 m se v jami pojavi studenček. V zgornjem delu jame voda poleti ne teče. Se pa studenček vse leto obdrži pod globino 120 m. Led se pozimi tvori do globine 120 m. Ta studenček v dvorani "Trst je naš" izgine med skalovjem. V sami dvorani pada s stropa več manjših pritokov. Pod Dvorano Trst je naš se pojavi nov vodni tok. Pretok vode je ob normalnih razmerah po oceni okrog 20 - 30 l /s. Predvidevamo, da voda teče v izvire Hublja. Možno pa je, da odteka tudi v kakšen drug izvir. Tej vodi nato sledimo do dna brezna Paradana Cau kjer se voda raztoči v več smeri. Največja količina vode teče do globine 870, kjer odteče v ožino na dnu brezna Klopka za Zagora. Le nekaj metrov nad dnom so stene blatne. Zato domnevamo, da se voda tu dvigne le malo.
Nekateri rovi globlji pod 750 m so popolnoma pokriti z blatom ( Blatnik). Domnevam da se je blato odložilo še v času, ko je te dele voda poplavljala. V Blatniku naletimo na odtočni sifon, ki se nahaja na globini 884 m. Brezno nad sifonom je čisto, medtem ko so ostali rovi blatni. To nam daje misliti, da voda po rovu občasno teče in ob tem izpira blato s sten brezna. Vendar se nivo dvigne le za nekaj metrov. Odtočni sifon se nahaja na nadmorski višini 330 m. 20 m nad odtočnim sifonom je pritočni sifon. Možno, da je to le ujeta voda. Lahko pa, da se nivo kraške vode oz. nepropustnih plasti stopničasto spušča. Sifoni v Hubeljskih jamah so na nadmorski višini 250 m. Divje jezero pa je na nadmorski višini 329 m.
V jami smo večkrat videli netopirje. Opazili smo jih v vhodnem breznu na globini 100 m in na vrhu brezna Trst je naš na globini 200 m. Bili so večje živali, zaradi oblike gobčka mislim da niso bili podkovnjaki. V zgornjih suhih delih meandra je videti tudi netopirjeve iztrebke. Na globini 80 m in v breznu Trst je naš smo videli pajka. Na globini 450 m smo našli dva manjša hrošča z dolgimi tankimi nogami. Z nogami skupaj sta merila 1 cm. Trup pa sta imela dolg 2 - 3 mm. V dvorani smo slikali hrošča neke druge vrste. Enakega ali podobnega hrošča smo opazili, na dnu Paradane Cau. V meandru AFŽ smo našli lobanjo podlasice ali kune.